Progression 3.1 では、プロジェクト機能用の JSFL による API が用意されています。
すでにインストール済みの環境であれば、ユーザー環境設定の以下の場所にサンプルファイルがコピーされています。
Windows の場合 C:\Documents and Settings\ユーザー名\Local Settings\Application Data\Adobe\Flash CS4\ja\Configuration\Extensions\Progression\Resources\APIExamples
Mac の場合 /Users/ユーザ名/Library/Application Support/Adobe/Flash CS4/ja/Configuration/Extensions/Progression/Resources/APIExamples
または、以下のリポジトリ上からも入手可能です。
http://trac.progression.jp/browser/development/trunk/project/Flash/Extensions/Progression/Resources/APIExamples
実際にバッチファイルからプロジェクトを作成するには、Windows であれば bat ファイル経由で、Mac であれば sh ファイルなどを利用して、CreateProjectCS4.jsfl を実行することになります。
その際に書き出されるプロジェクトの設定については実行させる CreateProjectCS4.jsfl に記述してください。
アップデートの際も同様の方法で UpdateProjectCS4.jsfl を実行することで実現できます。